Наша история начинает 5 апреля 1966 года, когда при Новосибирском лесхозе была организована Станция по борьбе с вредителями и болезнями растений (леса). На основании Приказа Минлесхоза РСФСР от 20.01.1966 года зоной обслуживания Новосибирской станции были определены леса Государственного лесного фонда (ГЛФ) Новосибирского, Томского и Омского Управления лесами. В 1977-78 годах из зоны обслуживания Новосибирской станции были выведены леса Омского и Томского управления лесами, в связи с организацией в этих управлениях самостоятельных станций. В связи с реорганизацией службы лесозащиты Новосибирская станция была преобразована с 27.10.1999 г. в Центр защиты леса Новосибирской области. В состав Центра также была включена почвенно-химическая лаборатория, функционирующая при Новосибирском лесхозе. Штаная численность - 31 человек. Директором был назначен Шинкаренко Анатолий Иванович. В 2002 году Центр защиты леса преобразован в Филиал Федерального государственного учреждения «Российский центр защиты леса»— «Центр защиты леса Новосибирской области». В 2011 году в связи с изменением статуса головного учреждения Центр защиты леса Новосибирской области был преобразован в Филиал Федерального бюджетного учреждения «Российский центр защиты леса» — «Центр защиты леса Новосибирской области». В настоящее время Филиалом руководит Болонин Иван Петрович. Штатная численность Филиала - 47 человек.