В 1949 году в поселке Затон была открыта школа ФЗО № 21 для подготовки 100 квалифицированных кочегаров ежегодно. В 1960 году она была реорганизована в ремесленное училище. В июне 1962 года РУ № 3 преобразовали в городское ПТУ № 3 речников. С 1966 по 1972 год училище готовило на базе 10 классов штурманов, а с 1973 года здесь стало возможно получить и среднее образование. В 1975 году построено новое здание на 570 учебных мест. С июля 1990 года училище преобразовано в ГОУ НПО ПЛ № 3. С 1981 года лицеем руководит Куккус Александр Иванович, Заслуженный учитель России, Отличник профтехобразования, Отличник речного флота, руководитель высшей квалификационной категории. В 2009 году наше образовательное учреждение отметило свой 60-летний юбилей. В 2011 году Профессиональному лицею №3 присвоен статус техникума и дано новое название Новосибирский техникум водного транспорта.