Центр среднего- профессионального образования – структурное подразделение ФГБОУ ВПО НГУЭУ, реализующее программы среднего профессионального образования. Современная концепция развития центра предполагает как использование накопленного опыта, так и применение современных подходов к подготовке специалистов по направлениям: экономика и управление, сфера обслуживания, геодезия и землеустройство, информатика и вычислительная техника. Материальная база и техническое оснащение центра соответствуют требованиям стандарта, что позволяет организовать учебный процесс на высоком уровне. Центр - как структурное подразделение НГУЭУ - имеет благоустроенное общежитие, расположенное в непосредственной близости от учебных корпусов, в самом центре Новосибирска. Главным критерием успешной работы центра СПО НГУЭУ является педагогический коллектив. В центре работают опытные преподаватели, которые постоянно совершенствуют свое педагогическое мастерство, участвуют в семинарах, научных конференциях, знакомятся с опытом работы своих коллег в России и за рубежом. Студенты центра регулярно демонстрируют высокий уровень своей подготовки, побеждая в предметных олимпиадах регионального и межрегионального уровней, а также становясь лауреатами и дипломантами региональных, всероссийских и международных конференций и интеллектуальных конкурсов. Коллектив центра гордится своими выпускниками – конкурентоспособными специалистами, адаптированными к современным экономическим условиям.

В 1949 году в поселке Затон была открыта школа ФЗО № 21 для подготовки 100 квалифицированных кочегаров ежегодно. В 1960 году она была реорганизована в ремесленное училище. В июне 1962 года РУ № 3 преобразовали в городское ПТУ № 3 речников. С 1966 по 1972 год училище готовило на базе 10 классов штурманов, а с 1973 года здесь стало возможно получить и среднее образование. В 1975 году построено новое здание на 570 учебных мест. С июля 1990 года училище преобразовано в ГОУ НПО ПЛ № 3. С 1981 года лицеем руководит Куккус Александр Иванович, Заслуженный учитель России, Отличник профтехобразования, Отличник речного флота, руководитель высшей квалификационной категории. В 2009 году наше образовательное учреждение отметило свой 60-летний юбилей. В 2011 году Профессиональному лицею №3 присвоен статус техникума и дано новое название Новосибирский техникум водного транспорта.